Karaktervolle etsen en kleurrijke schilderijen
Van Houten was een van de weinige vrouwelijke kunstenaars in haar tijd die etste. In 1880 verbleef ze een jaar in Parijs, waar ze zich grotendeels zelfstandig de etstechniek eigen maakte. Eenmaal terug in Nederland maakte ze sprekende landschappen, stillevens, portretten en interieurscènes. Ook maakte ze veel reproducties, waarvoor de kunstcollectie, het museum en de woning van het echtpaar Mesdag een rijke bron van inspiratie vormden. Aangezien ze twee jaar lang bij haar oom en tante in huis woonde, kon ze die omgeving goed bestuderen.
Rond 1910 stopte Van Houten definitief met etsen. Kleur werd vanaf dat moment een essentieel element in haar werk, ook in haar tekeningen. Waar ze aanvankelijk koos voor een subtiel palet, werden haar latere werken steeds feller van kleur. Huiselijke taferelen, portretten van mensen uit haar directe omgeving en stillevens waren favoriete onderwerpen. De laatste twintig jaar van haar leven leidde Van Houten een tamelijk geïsoleerd bestaan en richtte ze zich volledig op haar kunst. Ze bleef tot het einde van haar leven schilderen.
De Mesdag Collectie
De Mesdag Collectie beheert de grootste collectie werken van Barbara van Houten in publiek bezit. Een klein deel hiervan is door het echtpaar Mesdag verzameld en werd tijdens het leven van de kunstenaar in het museum tentoongesteld. Het andere deel is later door het museum verworven.
Een grote schenking uit 2023 van een album met werken op papier vormt hierbij een hoogtepunt. Voor het eerst wordt haar werk nu, 75 jaar na haar overlijden, getoond in het voormalige woonhuis van de Mesdags: een plek waar Van Houten kind aan huis was en vele kunstwerken maakte.